成立二十年來，保護區(qū)管理制度日趨完善、創(chuàng)新舉措頻現，工作成效得到生態(tài)環(huán)境部、國家林草局等有關部委充分肯定，被《新聞聯播》《人民日報海外版》《中國環(huán)境報》等多家國家級媒體報道。一是建立長效機制。發(fā)起成立全國首個地方性長江江豚保護聯盟，聯盟單位擴容至16家。聯合南京市、馬鞍山開市出臺《鎮(zhèn)江市人民代表大會常務委員會關于加強長江江豚保護的決定》于今年10月24日起施行。二是加強日常巡護。多部門聯合開展保護區(qū)非法垂釣聯合執(zhí)法，對保護區(qū)內違法違規(guī)建設及時督促整改到位。投入800余萬元建設保護區(qū)專用巡護艇、智能監(jiān)控系統(tǒng)、長江江豚救護設施“江豚醫(yī)院”。三是實施資源調查。聯合中國水產科學研究院淡水漁業(yè)研究中心等多家科研單位，持續(xù)開展保護區(qū)長江江豚生態(tài)科學考察和生物多樣性本底調查。保護區(qū)內除有25頭左右江豚外，還有其他野生動植物440余種，其中白鶴、東方白鸛、小天鵝等國家重點保護野生動植物20余種。鎮(zhèn)江長江豚類保護濕地生物多樣性觀測站納入第一批省級觀測站點建設。四是實施生態(tài)修復。開展增殖放流、修復水生植被、建設人工魚巢、生態(tài)浮島等生態(tài)修復措施，常年禁漁執(zhí)法管理，累計投入增殖放流資金2900余萬元，放流各類苗種1.93億尾。五是開展科普宣傳。以科技館、江豚保護夏令營、主題月等活動為載體，多途徑宣傳長江生態(tài)保護和江豚保護知識，20年來江豚保護科普宣傳直接受眾數萬人。舉辦《留住江中那一抹微笑》宣傳活動被中國科協評為“2021年全國科普日優(yōu)秀活動”，指導和參與編寫全國第一部江豚科普教材《我們的江豚 我們的長江》。